Сейчас на некогда оккупированной территории России есть только два Годунова - в Наро-Фоминском районе и в Вяземском.
Еще урочище Годуновка в Вяземском, в 41-м это почти точно была деревня.
Еще есть станция Годуновка в Угранском районе Смоленской области.
Правда в Белоруссии и на Украине тоже такие села могли быть, по ним у меня данных нет.