К 5 июля 1941 г., на основании приказа НК ВМФ №0 0165 от 03.07.1941 г., при ВМАУ им. Сталина была сформирована ещё одна истребительная авиационная эскадрилья. Эта 8-я истребительная эскадрилья переучивания (командир — Н.А.Чернюк) , совместно с 9-й истребительной эскадрильей прикрытия, в сентябре-октябре 1941 г. отражала налёты вражеских бомбардировщиков, выполнив 131 боевой вылет.
С июля 1941 г. по апрель 1942 г. 9-я ОИАЭ училища входила в состав ВВС ЧФ, подчиняясь командующему АзВФ. В апреле 1942 г. эскадрилья была возвращена в подчинение начальнику училища, а 4 мая 1942 г. она была расформирована. В период с 20 октября 1941 г. по 7 сентября 1942 г. ещё одна из эскадрилий училища также входила в состав ВВС ЧФ.
Приказом НК ВМФ №0974 от июля 1941 г. в составе училища была сформирована 10-я истребительная авиационная эскадрилья, на самолётах И-15бис. Её формирование было завершено к 20 октября. Она просуществовала менее полугода и, на основании приказа НК ВМФ №01 71 от 28.02.1942 г., была выведена из состава ВВС ВМФ.
