В сентябре 1941 года Кох стал комендантом Майданека. Меньше чем через год (в июле 1942) он был отстранён от должности из-за подозрений в коррупции и присвоениях казённого имущества. В следующем году в рамках расследования случаев коррупции в СС Коху были предъявлены обвинения в убийстве врача Вальтера Кремера (Walter Krämer) и его помощника, которые могли проговориться, что лечили Коха от сифилиса. Дело вёл судья Конрад Морген, расследовавший и другие преступления, совершённые должностными лицами в концлагерях. Ильзе Кох обвинялась в присвоении крупной суммы, но была оправдана, а Карл Кох был признан виновным в убийстве и расстрелян 5 апреля 1945 года.
