В 1968 году на базе Ейского высшего военного авиационного училища летчиков было сформировано отделение по подготовке штурманов боевого управления. В отделение зачислялись списанные по лётной неуспеваемости и состоянию здоровья курсанты, изъявившие желание продолжить службу в авиации.
В 1973 году отделение подготовки штурманов боевого управление было переформировано в филиал Качинского ВВАУЛ по подготовке офицеров боевого управления с базированием в Багерово (Крым).
В 1993 году было принято решение о перепрофилировании Ейского ВВАУЛ для подготовки офицеров боевого управления и специалистов по управлению воздушным движением для ВВС РФ и дружеских стран.
С 2010 года Ейское училище стало называться филиалом ВУНЦ ВВС «ВВА» (г. Ейск).
В сентябре 2011 года в связи ликвидацией филиала ВУНЦ ВВС «ВВА» (г. Ейск) курсанты 3, 4, 5-го курсов в количестве 362 человека были отправлены в филиал ВУНЦ ВВС «ВВА» (г. Краснодар) для продолжения обучения по специальности на вновь сформированном 6-м факультете (боевого управления авиацией и управления воздушным движением). В 2012 году факультет стал называться третьим.