Подвойский окончательно расстался с РККА в феврале 1923г. после расформирования Всевобуча.
В январе 1935г. он после инфаркта фактически перешел на инвалидность, будучи на этот момент членом коллегии и государственным инспектором Всесоюзного комитета по высшему техническому образованию.
В том, что он уцелел в 30-ые, сыграло свою роль, как это, так и то, что он на большие посты после Гражданской войны не претендовал, а в Гражданскую был в конфликте с Троцким.